ANALISIS POLIMORFISME GEN NUCLEOCAPSID (GEN N) SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS-2 (SARS-COV-2) PADA VARIAN DI SUMATRA BARAT

Siskalil Fahma, Siska (2023) ANALISIS POLIMORFISME GEN NUCLEOCAPSID (GEN N) SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS-2 (SARS-COV-2) PADA VARIAN DI SUMATRA BARAT. Masters thesis, S2 Bioteknologi.

	Text (Abstrak) COVER TESIS.pdf - Published Version Download (95kB)
	Text (BAB 1) BAB 1 PENDAHULUAN.pdf - Published Version Download (108kB)
	Text (BAB V KESIMPULAN) BAB V KESIMPULAN.pdf - Published Version Download (72kB)
	Text (DAFTAR PUSTAKA) DAFTAR PUSTAKA.pdf - Published Version Download (190kB)
	Text (Thesis full text) THESIS FULL TEXT.pdf Restricted to Repository staff only Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui distribusi varian SARS CoV-2, variasi nukleotida pada gen N serta untuk mengetahui pola mutasi gen N pada varian SARS-CoV-2 yang ditemukan di Sumatera Barat. 268 sekuens SARS-CoV-2 digunakan dalam penelitian ini yang merupakan bahan biologis yang tersimpan dalam Viral Transport Medium (VTM) koleksi sampel dari Pusat Diagnostik dan Riset Penyakit Infeksi (PDRPI) Fakultas Kedokteran UNAND. Peneliti melakukan analisis 268 sekuens genom yang dikumpulkan pada awal pandemi periode April 2020 hingga Maret 2022. Semua sekuens penelitian diunduh dari .org kemudian dialignment dengan sekuens referensi NC_45512 menggunakan CLC Workbench app. Untuk konfirmasi kembali jenis varian yang ditemukan dari penelitian dicek dengan website Pangolineage. Hasil analisis 20 lineages dengan mayoritas B.1.466.2 n = 85. 31,72%) diikuti varian Delta 52 sampel yang terbagi 2 lineage AY.23 dan AY24, arian Omicron 38 sampel (14.18%), B.1.36.19 sebanyak 27 sampel (10.67%), B.1.1.398 berjumlah 24 (9.32%), B.1.468 berjumlah 17 (6.34%) dan varian kecil lainnya (B.1, B.1.459, B.6, B.1.1, B.1.1.216, B.1.470 dan terakhir B.1.456. Pada gen N ditemukan mutasi unik dari varian yang ditemukan di Sumatera Barat. Mutasi unik dapat dilihat pada varian B.1.466.2 perubahan asam amino T205I, Delta perubahan asam amino D64G, R203M dan G215C, varian Omicron perubahan asam amino P13L, DEL 31/33, R203K dan G204R serta B.1.36.19 dan B.1.398 karna jumlah sekuens yang diamati banyak dan sesuai dengan varian global. Dari 268 sekuens gen N ditemukan 12 sekuens gen N yang tidak ada mutasi (wild type). Hasil ini memberikan data tambahan mengenai variasi gen N di Indonesia. Kata Kunci: SARS CoV-2, gen nukleokapsid, mutasi unik varian B.1.466.2, Delta, Omicron

Actions (login required)

View Item