Studi Pengembangan dan Karakterisasi Metode Deteksi Molekuler Gen stx Bakteri Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) Berbasis PCR

Virananda, Siti Nailazikri (2026) Studi Pengembangan dan Karakterisasi Metode Deteksi Molekuler Gen stx Bakteri Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) Berbasis PCR. S1 thesis, Universitas Andalas.

	Text (cover dan abstrak) cover dan abstrak.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 19 August 2027. Download (282kB) | Request a copy
	Text (bab 1 pendahuluan) bab 1 pendahuluan.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 19 August 2027. Download (47kB) | Request a copy
	Text (bab 7 penutup) bab 7 penutup_compressed.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 19 August 2027. Download (51kB) | Request a copy
	Text (daftar pustaka) daftar pustaka_compressed.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 19 August 2027. Download (81kB) | Request a copy
	Text (skripsi full text) Eskripsi Siti Nailazikri V.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 19 August 2027. Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) merupakan subkelompok dari Shiga toxin-producing E. coli (STEC) yang dapat menyebabkan penyakit bawaan pangan seperti diare berdarah hingga sindrom uremik hemolitik (HUS). Gen stx merupakan faktor virulensi utama STEC dan EHEC sehingga menjadi target penting dalam deteksi molekuler. Pengembangan metode PCR yang lebih spesifik, sensitif, dan teroptimasi masih diperlukan, terutama untuk aplikasi pada matriks pangan kompleks. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan dan mengkarakterisasi metode deteksi molekuler gen stx berbasis PCR konvensional. Penelitian ini dilakukan dari bulan April hingga Agustus 2026 dan merupakan penelitian eksperimental menggunakan primer spesifik gen stx yang dirancang oleh Kelompok Riset Rekayasa Deteksi Biomolekul, Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) melalui optimasi suhu annealing, pengujian spesifisitas, sensitivitas atau batas deteksi (Limit of Detection/LOD), serta pengujian pada sampel susu UHT yang diberi perlakuan kontaminasi buatan. Optimasi suhu annealing dilakukan untuk menentukan kondisi PCR yang optimal, spesifisitas diuji menggunakan DNA E. coli O157:H7 sebagai target dan beberapa bakteri non-target. Sensitivitas dilakukan dengan melakukan pengenceran bertingkat untuk mendeteksi batas terendah yang masih dapat menghasilkan pita DNA target pada elektroforesis gel agarosa. Kinerja metode diuji menggunakan DNA hasil ekstraksi dari susu UHT yang dikontaminasi buatan oleh E. coli O157:H7. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kondisi suhu annealing PCR optimal untuk amplifikasi gen stx diperoleh pada suhu 56,7℃, yang menghasilkan pita DNA target berukuran sekitar 185 bp. Metode PCR yang dikembangkan menunjukkan spesifisitas yang baik terhadap gen target tanpa menghasilkan amplifikasi pada bakteri non-target yang diuji. Metode PCR memiliki sensitivitas atau batas deteksi (Limit of Detection/LOD) hingga pengenceran 10⁻⁴ (4,1 pg/µL) dan mampu mendeteksi gen stx pada sampel DNA hasil ekstraksi dari susu UHT yang dikontaminasi buatan hingga pengenceran 10⁻⁷. Metode PCR konvensional yang dikembangkan menunjukkan performa deteksi yang baik terhadap gen stx pada E. coli O157:H7 serta berpotensi digunakan sebagai metode skrining awal untuk mendeteksi STEC/EHEC pada matriks pangan kompleks.

Actions (login required)

View Item