ANALISIS PERBEDAAN MIKROORGANISME PENYEBAB EMPIEMA TORAKS ANTARA METODE BIAKAN DENGAN METODE METAGENOMIK

Indra, Yovi (2025) ANALISIS PERBEDAAN MIKROORGANISME PENYEBAB EMPIEMA TORAKS ANTARA METODE BIAKAN DENGAN METODE METAGENOMIK. S3 thesis, Universitas Andalas.

	Text (Cover dan Abstrak) Cover dan Abstrak_.pdf - Published Version Download (66kB)
	Text (Bab 1) Bab 1_.pdf - Published Version Download (64kB)
	Text (Bab 7) Bab 7_.pdf - Published Version Download (32kB)
	Text (Daftar Pustaka) Daftar Pustaka.pdf - Published Version Download (99kB)
	Text (Disertasi Full) Disertasi Full_.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (2MB)

Abstract

Tujuan: Disertasi ini bertujuan untuk menganalisis mikrobiom penyebab empiema toraks menggunakan metode metagenomik dan membandingkannya dengan hasil biakan konvensional, guna meningkatkan akurasi diagnosis dan optimalisasi terapi antibiotik. Metode: Penelitian ini melibatkan 30 pasien yang terdiagnosis empiema toraks di rumah sakit di Pekanbaru, Provinsi Riau, Indonesia. Sampel cairan pleura dikumpulkan untuk dilakukan analisis kultur (dikultur dalam botol kultur darah aerobik dan anaerobik serta diidentifikasi menggunakan Vitek 2 compact system) dan untuk analisis metagenomik menggunakan MinION R9.4.1, dengan pelabelan taksonomi menggunakan database dari Kraken2 NCBI untuk 16S, 18S, 28S, dan ITS. Sampel yang teridentifikasi mengandung sekuens jamur, dilakukan konfirmasi dengan menggunakan Internal Transcribed Spacer (ITS). Analisis kesesuaian etiologi dari empiema toraks dilakukan berdasarkan metode kultur konvensional dan metagenomik, diikuti dengan uji statistik menggunakan uji Kappa. Data klinis dari pasien juga dikumpulkan dan dianalisis. Hasil: Metode biakan menunjukkan tingkat kepositifan 40%, dengan bakteri Gram negatif (Klebsiella pneumoniae dan Pseudomonas aeruginosa) mendominasi. Metagenomik menunjukkan tingkat kepositifan 56,7%, mengidentifikasi mikroorganisme yang lebih beragam, termasuk jamur (29,4% kelimpahan), bakteri gram negatif lainnya (26,5%), dan bakteri anaerob (22,5%). Perbandingan kedua metode menunjukkan kesesuaian total 44% dan kesesuaian parsial 20%, dengan 37% ketidaksesuaian dengan nilai koefisien Kappa 0.416 dengan nilai p = 0.016 (p < 0.05) artinya tingkat kesesuaian hasil metagenomik dengan hasil kultur masuk kategori moderate dan bermakna secara statistik. Kesimpulan: Metagenomik menawarkan keunggulan signifikan dalam mendeteksi mikrobiom penyebab empiema toraks, khususnya jamur dan bakteri anaerob, yang sering terlewatkan oleh metode biakan konvensional. Hal ini berpotensi meningkatkan akurasi diagnosis dan optimalisasi terapi antibiotik. Penelitian lebih lanjut dengan sampel yang lebih besar diperlukan.

Actions (login required)

View Item