Potensi Senyawa Rubraxanthone dari Tanaman Asam Kandis (Garcinia cowa Roxb) Terhadap Ekspresi Beberapa Protein Sebagai Antikolesterol Secara In Silico

Norizza, Fajraroza (2024) Potensi Senyawa Rubraxanthone dari Tanaman Asam Kandis (Garcinia cowa Roxb) Terhadap Ekspresi Beberapa Protein Sebagai Antikolesterol Secara In Silico. S1 thesis, Universitas Andalas.

	Text (Cover dan Abstrak) Cover dan Abstrak.pdf - Published Version Download (293kB)
	Text (Bab 1 Pendahuluan) BAB 1 Pendahuluan.pdf - Published Version Download (233kB)
	Text (Bab 5 Kesimpulan) BAB 5 Kesimpulan.pdf - Published Version Download (226kB)
	Text (Daftar Pustaka) Daftar Pustaka.pdf - Published Version Download (361kB)
	Text (Skripsi Full) Skripsi Full.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (2MB) | Request a copy

Abstract

Rubraxanthone merupakan senyawa yang dapat diisolasi dari kulit batang Garcinia cowa Roxb atau yang dikenal dengan tanaman asam kandis. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan nilai skor docking senyawa, ikatan antara senyawa rubraxanthone dengan protein-protein kolesterol, serta menjelaskan mekanisme kerja rubraxanthone sebagai antikolesterol secara in silico. Protein target diunduh pada situs Protein Data Bank yang kemudian dipreparasi menggunakan aplikasi YASARA dan MarvinSketch, kemudian protein target divalidasi menggunakan aplikasi PLANTS dan YASARA. Kemudian dilakukan pencarian situs aktif ikatan pada reseptor yang nantinya akan dibandingkan dengan visualisasi dua dimensi untuk melihat ikatan yang terjadi antara reseptor dan ligan. Terdapat 31 protein target yang divalidasi dan didapatkan 13 buah protein target yang valid atau memiliki nilai RMSD <2 Å. Dari hasil docking antara senyawa rubraxanthone dengan protein target yang valid, didapatkan dua hasil docking yang baik yaitu senyawa Rubraxanthone dengan reseptor 3LEE dengan skor docking sebesar -85.2268 dan dengan reseptor 4BCR dengan skor docking sebesar -83.7616. Di antara kedua reseptor tersebut, 3LEE memiliki skor docking yang jauh lebih baik daripada native ligand dibandingkan dengan 4BCR. Menurut visualisasi dua dimensi menggunakan LigPlus, Rubraxanthone memiliki 15 ikatan asam amino dengan protein dengan kode PDB 3LEE. Dari 15 ikatan tersebut terdapat 4 asam amino yang membentuk ikatan hidrogen dan 11 asam amino yang membentuk ikatan hidrofobik. Dari hasil visualisasi dua dimensi dapat diprediksi secara in silico bahwa senyawa Rubraxanthone bekerja sebagai antikolesterol dengan cara berikatan baik dengan sisi aktif protein squalene synthase yaitu asam amino Phe288, Tyr171, dan Gln212, terutama asam amino Phe54 yang merupakan situs inhibisi protein squalene synthase dengan kode PDB 3LEE yang berperan dalam pembentukan squalene yang hasil akhirnya berupa kolesterol.

Actions (login required)

View Item