VARIASI GENETIK GEN SPIKE SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS-2 (SARS-CoV-2)

Dede, Rahman Agustian (2021) VARIASI GENETIK GEN SPIKE SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS-2 (SARS-CoV-2). Masters thesis, Universitas Andalas.

[img]
Preview
Text (Cover dan Abstrak)
cover dan abstrak.pdf - Published Version

Download (83kB) | Preview
[img]
Preview
Text (Bab 1 Pendahuluan)
bab 1(1).pdf

Download (81kB) | Preview
[img]
Preview
Text (Bab Akhir Kesimpulan)
bab akhir kesimpulan.pdf - Published Version

Download (107kB) | Preview
[img]
Preview
Text (Daftar Pustaka)
daftar pustaka.pdf - Published Version

Download (237kB) | Preview
[img] Text (Tugas Akhir Ilmiah Utuh)
tugas akhir ilmiahh utuh.pdf - Published Version
Restricted to Repository staff only

Download (4MB)

Abstract

Kasus pneumonia akibat infeksi novel korona virus sangat intens dilaporkan sejak Desember 2019. Hampir dua tahun sejak kemunculan virus SARS-CoV-2 di Wuhan China, hingga saat ini belum menunjukkan pandemi ini akan segera berakhir. Laju mutasi yang tinggi teruama pada gen spike SARS-CoV-2 memicu terbentuknya varian-varian baru yang memiliki pola transmisi lebih kuat di masyarakat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui mutasi pada sekuens gen spike yang berasal dari koleksi Laboratorium Pusat Diagnostik dan Riset Penyakit Infeksi Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Desain penelitian ini berupa deskriptif eksploratif dengan pendekatan cross sectional dimulai dari bulan Maret hingga Juli 2021. Teknik pengambilan sampel dilakukan secara konsekutif dan diperoleh 91 sampel beserta data klinis dari formulir pendaftaran 7, untuk diikutsertakan pada penelitian ini. Sampel berupa cairan viral transport medium (VTM) hasil swab nasofaring kemudian diekstraksi, kuantifikasi dan dilanjutkan pada tahapan libraby preparation. Library kemudian disekuensing menggunakan mesin miseq. Output mesin berupa FASTQ, alignment dan analisa variasi dikerjakan menggunakan silico tools CLC Genomic Workbench. Hasil penelitian menunjukkan 100% sampel yang diaanalisa bioinformatika setidaknya telah memilki satu titik mutasi pada gen spike dengan rerata mutasi sebesar 2,53 mutasi gen Spike per sampel. Mutasi Asp614Gly, Leu18Phe, Asn439Lys, Pro681Arg dan Pro681his merupakan lima mutasi nonsynonymous tersering pada penelitian ini. Gejala klnis yang ditemukan pada penelitian ini umumnya bersifat asimtomatis (68,6%) diikuti batuk (20,2%) dan demam (13,4%).

Item Type: Thesis (Masters)
Primary Supervisor: Dr. dr. Andani Eka Putra, M.Sc
Uncontrolled Keywords: SARS-CoV-2, gen Spike, mutasi, manifestasi klinis
Subjects: Q Science > QR Microbiology
Q Science > QR Microbiology > QR355 Virology
R Medicine > RB Pathology
R Medicine > RZ Other systems of medicine
Divisions: Pascasarjana (S2)
Depositing User: s2 ilmu biomedik
Date Deposited: 20 Dec 2021 07:40
Last Modified: 20 Dec 2021 07:40
URI: http://scholar.unand.ac.id/id/eprint/96293

Actions (login required)

View Item View Item