VARIASI GENETIK GEN SPIKE SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS-2 (SARS-CoV-2)

Dede, Rahman Agustian (2021) VARIASI GENETIK GEN SPIKE SEVERE ACUTE RESPIRATORY SYNDROME CORONAVIRUS-2 (SARS-CoV-2). Masters thesis, Universitas Andalas.

Preview	Text (Cover dan Abstrak) cover dan abstrak.pdf - Published Version Download (83kB) | Preview
Preview	Text (Bab 1 Pendahuluan) bab 1(1).pdf Download (81kB) | Preview
Preview	Text (Bab Akhir Kesimpulan) bab akhir kesimpulan.pdf - Published Version Download (107kB) | Preview
Preview	Text (Daftar Pustaka) daftar pustaka.pdf - Published Version Download (237kB) | Preview
	Text (Tugas Akhir Ilmiah Utuh) tugas akhir ilmiahh utuh.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (4MB)

Abstract

Kasus pneumonia akibat infeksi novel korona virus sangat intens dilaporkan sejak Desember 2019. Hampir dua tahun sejak kemunculan virus SARS-CoV-2 di Wuhan China, hingga saat ini belum menunjukkan pandemi ini akan segera berakhir. Laju mutasi yang tinggi teruama pada gen spike SARS-CoV-2 memicu terbentuknya varian-varian baru yang memiliki pola transmisi lebih kuat di masyarakat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui mutasi pada sekuens gen spike yang berasal dari koleksi Laboratorium Pusat Diagnostik dan Riset Penyakit Infeksi Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Desain penelitian ini berupa deskriptif eksploratif dengan pendekatan cross sectional dimulai dari bulan Maret hingga Juli 2021. Teknik pengambilan sampel dilakukan secara konsekutif dan diperoleh 91 sampel beserta data klinis dari formulir pendaftaran 7, untuk diikutsertakan pada penelitian ini. Sampel berupa cairan viral transport medium (VTM) hasil swab nasofaring kemudian diekstraksi, kuantifikasi dan dilanjutkan pada tahapan libraby preparation. Library kemudian disekuensing menggunakan mesin miseq. Output mesin berupa FASTQ, alignment dan analisa variasi dikerjakan menggunakan silico tools CLC Genomic Workbench. Hasil penelitian menunjukkan 100% sampel yang diaanalisa bioinformatika setidaknya telah memilki satu titik mutasi pada gen spike dengan rerata mutasi sebesar 2,53 mutasi gen Spike per sampel. Mutasi Asp614Gly, Leu18Phe, Asn439Lys, Pro681Arg dan Pro681his merupakan lima mutasi nonsynonymous tersering pada penelitian ini. Gejala klnis yang ditemukan pada penelitian ini umumnya bersifat asimtomatis (68,6%) diikuti batuk (20,2%) dan demam (13,4%).

Actions (login required)

View Item