De Novo Design dengan Target Pks13-TE Mutan D1607N Mycobacterium tuberculosis

Meisya, Meisya (2026) De Novo Design dengan Target Pks13-TE Mutan D1607N Mycobacterium tuberculosis. S1 thesis, Universitas Andalas.

	Text (01. Cover & Abstrak) 01. Cover & Abstrak.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 2031. Download (259kB) | Request a copy
	Text (02. BAB I) 02. BAB I.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 2031. Download (219kB) | Request a copy
	Text (03. BAB V) 03. BAB V.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 2031. Download (184kB) | Request a copy
	Text (04. Daftar Pustaka) 04. Daftar Pustaka.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 2031. Download (185kB) | Request a copy
	Text (05. Skripsi Fulltext) 05. Skripsi Fulltext.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only until 2031. Download (3MB) | Request a copy

Abstract

Tuberkulosis masih menjadi masalah kesehatan global akibat meningkatnya resistensi obat. Mycobacterium tuberculosis memiliki asam mikolat yang berperan dalam ketahanan dan kelangsungan hidupnya. Enzim Poliketida sintase 13 (Pks13) mengkatalisis tahap akhir pembentukan asam mikolat dengan menggabungkan dua rantai asam lemak menjadi satu molekul asam mikolat sehingga penghambatan enzim ini dapat melemahkan bakteri. Inhibitor benzofuran TAM1 diketahui mengikat domain thioesterase (TE) Pks13, tetapi mutasi D1607N pada domain TE menurunkan afinitas TAM1 dan memicu resistensi. Penelitian ini bertujuan merancang kandidat inhibitor baru terhadap Pks13-TE mutan D1607N secara in silico melalui pendekatan focused dan generic de novo design menggunakan Dock 6. Evaluasi dilakukan dengan molecular docking (grid score), simulasi molecular dynamics (RMSD, RMSF, Rg, SASA, dan ikatan hidrogen), serta prediksi ADMET. Hasil docking menunjukkan ligan hasil focused de novo mampu berikatan dengan grid score -39,39 kkal/mol, mendekati TAM1 yang sebesar -42,07 kkal/mol dengan selisih 2,68 kkal/mol. Simulasi molecular dynamics menunjukkan kompleks protein dengan ligan hasil focused de novo memiliki kestabilan konformasi lebih baik dengan RMSD dan RMSF lebih rendah serta jumlah ikatan hidrogen lebih stabil. Prediksi ADMET menunjukkan ligan hasil generic de novo memiliki profil absorpsi lebih baik berdasarkan prediksi bioavailibilitas dan kepatuhan terhadap aturan Lipinski, namun kedua ligan de novo menunjukkan potensi toksisitas pada parameter tertentu seperti hepatotoksisitas dan inhibisi hERG. Disimpulkan bahwa ligan hasil focused de novo menunjukkan afinitas mendekati TAM1 dan kestabilan dinamika yang baik terhadap mutan D1607N, namun masih memerlukan optimasi profil farmakokinetik dan toksisitas dan validasi lanjutan berupa in vitro dan in vivo.

Actions (login required)

View Item