Analisis Variasi Genetik Jeruk Siam (Citrus nobilis Lour.) di Beberapa Sentra Produksi Sumatera Berdasarkan Penanda Internal Transcribed Spacer (ITS)

Setriani, Arifa (2025) Analisis Variasi Genetik Jeruk Siam (Citrus nobilis Lour.) di Beberapa Sentra Produksi Sumatera Berdasarkan Penanda Internal Transcribed Spacer (ITS). S2 thesis, Universitas Andalas.

	Text (Cover dan Abstrak) Abstrak.pdf - Published Version Download (299kB)
	Text (Bab I Pendahuluan) Bab I Pendahuluan.pdf - Published Version Download (276kB)
	Text (Bab V Penutup) Bab V Penutup.pdf - Published Version Download (262kB)
	Text (Daftar Pustaka) Daftar Pustaka.pdf - Published Version Download (343kB)
	Text (Tesis full text) Tesis Full Teks.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (7MB) | Request a copy

Abstract

Jeruk siam (Citrus nobilis Lour.) merupakan komoditas hortikultura unggulan Indonesia dengan produksi tinggi dan sebaran kultivar luas. Meskipun berasal dari tiga sumber utama di Indonesia, penyebarannya ke berbagai wilayah telah memunculkan variasi morfologis dan genetik yang signifikan. Variasi genetik yang tinggi antar populasi dapat menurunkan kualitas dan konsistensi hasil panen. Informasi mengenai asal usul dan jalur introduksi populasi, penting untuk mendukung seleksi bibit unggul melalui pohon induk tunggal (PIT). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakteristik nukleotida, keragaman haplotipe dan haplotype network serta divergensi genetik dan filogenetik jeruk siam dari empat sentra produksi di Sumatra menggunakan penanda ITS. Penelitian ini dilakukan dengan metode deskriptif berdasarkan observasi molekuler, sedangkan pengambilan sampel dilakukan dengan metode survei dan koleksi langsung di lapangan. Selanjutnya, DNA diekstraksi, diamplifikasi (PCR), dan disekuensing. Hasil analisis menunjukkan 500 conserved sites dan delapan variable sites, dengan lima singleton dan tiga parsimony sites. Komposisi basa yang diperoleh adalah AT sebesar 34,76% dan GC sebesar 65,24%. Delapan haplotipe ditemukan dari 40 sampel, dengan Hap_1 sebagai haplotipe dominan yang dimiliki oleh 26 sampel. Keragaman haplotipe tertinggi di Gunung Omeh (Hd = 0,73333), dan keragaman nukleotida tertinggi di Bangkinang (π = 0,00267). Analisis filogenetik menunjukkan semua populasi membentuk kelompok monofiletik dengan divergensi genetik rendah (0,0027–0,0255), mencerminkan adanya pertukaran bibit antar sentra produksi dan asal bibit yang tidak seragam. Temuan ini memberikan informasi genetik penting sebagai dasar konservasi dan seleksi plasma nutfah C. nobilis untuk mendukung keberlanjutan produksi di Sumatra.

Actions (login required)

View Item