Analisis Karakteristik Molekular Virus SARS-CoV-2 di Sumatera Barat, Dihubungkan dengan Virulensi, Tingkat Infektivitas dan Implikasi Klinisnya

Linosefa, Linosefa (2024) Analisis Karakteristik Molekular Virus SARS-CoV-2 di Sumatera Barat, Dihubungkan dengan Virulensi, Tingkat Infektivitas dan Implikasi Klinisnya. Doctoral thesis, Fakultas Kedokteran Universitas Andalas.

	Text (COver dan Abstrak) Cover dan Abstrak Watermark.pdf - Published Version Download (107kB)
	Text (Bab 1) BAB 1.pdf - Published Version Download (87kB)
	Text (Bab 7 Penutup) BAB 7 Penutup.pdf - Published Version Download (63kB)
	Text (Daftar Pustaka) Daftar Pustaka.pdf - Published Version Download (205kB)
	Text (Full Text DIsertasi) Full Disertasi Linosefa Sign Watermark.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (25MB)

Abstract

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) rentan terhadap mutasi sehingga menghasilkan berbagai varian yang meningkatkan morbiditas dan mortalitas. Data karakteristik genomik SARS-CoV-2 di Sumatera Barat belum tersedia sehingga penelitian ini bertujuan untuk menganalisis karakteristik molekuler SARS-CoV-2 Sumatera Barat dan implikasinya terhadap virulensi, tingkat infektivitas, serta klinis penyakit. Penelitian ini merupakan penelitian nested di Pusat Diagnostik dan Riset Penyakit Infeksi (PDRPI) Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Sampel RNA memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi sebanyak 352 dari 745 sampel yang lolos skrining awal. Whole Genome Sequencing menggunakan protokol sekuensing Illumina MiSeq. Data sekuensing diolah dengan menggunakan perangkat lunak CLC Genomics Workbench® 21 version 21.0.3 untuk analisis bioinformatika. Hasil penelitian menunjukkan bahwa varian awal yang beredar di Sumatera Barat (Clade 19A, 20A, dan 20B), tergolong garis keturunan virus asal (ancestral), kemudian diikuti varian Delta dan Omicron. Jumlah mutasi asam amino, cenderung meningkat seiring dengan munculnya varian baru. Mutasi D950N mempercepat infektifitas sedangkan G142D merupakan faktor pencegah. Terdapat hubungan signifikan antara varian virus dengan virulensi, infektivitas dan klinis penyakit, dimana varian Delta 3,118 lebih berisiko memiliki luaran meninggal daripada ancestral. Varian Omicron 2,354 lebih berisiko memiliki gejala yang lebih ringan. Kesimpulannya evolusi SARS-CoV-2 dimulai dari varian awal ancestral ke varian Delta dan Omicron, dengan peningkatan mutasi dan hubungan yang signifikan antara jenis varian dengan virulensi serta gejala klinis yang ditimbulkannya. Surveilans berkelanjutan dan pemantauan genomik perlu dilakukan untuk deteksi cepat dan karakterisasi varian virus baru, dalam upaya mitigasi penyebaran virus dan strategi manajemen pandemi yang efektif. Kata Kunci: Whole Genome Sequencing, filogenetik, surveilans genomik

Actions (login required)

View Item