ANALISIS WHOLE GENOME SEQUENCING: FILOGENI MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, POLA RESISTENSI OBAT ANTI-TUBERKULOSIS, DAN MUTASI GEN

Benny, Alexander Maisa (2018) ANALISIS WHOLE GENOME SEQUENCING: FILOGENI MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS, POLA RESISTENSI OBAT ANTI-TUBERKULOSIS, DAN MUTASI GEN. Masters thesis, Universitas Andalas.

Preview	Text (Cover dan Abstrak) Cover-Abstrak.pdf - Published Version Download (341kB) | Preview
Preview	Text (BAB 1) BAB-1.pdf - Published Version Download (328kB) | Preview
Preview	Text (BAB akhir) BAB-7.pdf - Published Version Download (310kB) | Preview
Preview	Text (Daftar Pustaka) Daftar-Pustaka.pdf - Published Version Download (372kB) | Preview
	Text (Tesis full text) Full-Text.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (5MB)

Abstract

Indonesia berada pada peringkat kedua angka kejadian TB dan peringkat ketiga angka kematian TB di dunia. Dibutuhkan pendalaman epidemiologi molekuler untuk memahami kasus TB, salah satunya melalui Whole Genome Sequencing (WGS). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui filogeni Mycobacterium tuberculosis (Mtb), pola resistensi Obat Anti-Tuberkulosis (OAT), dan mutasi gen melalui analisis WGS. Penelitian ini adalah penelitian deskriptif bidang bioinformatika, menganalisis 18 sampel Mtb yang memiliki hasil sequencing dengan metode Next-Generation Sequencing dari Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Andalas. Sequence setiap sampel diperiksa dengan aplikasi Geneious dengan genom referensi H37Rv. Filogeni Mtb diperiksa dengan algoritma RAxML. Mutasi gen terkait resistensi OAT diperiksa dengan Variations/SNPs Finding. Hasil penelitian menunjukkan sampel tergolong ke dalam tiga filogeni, yaitu Indo-Oceanic (8 sampel), East-Asian/Beijing (5 sampel), dan Euro-American (5 sampel), yang dikelompokkan menjadi dua kelompok besar Beijing dan Non-Beijing. Diperoleh mutasi terkait resistensi OAT pada gen katG S315T (3 sampel), rpoB S450L (4 sampel), dan nudC Q237P (8 sampel). Sebanyak 60% sampel dari kelompok filogeni Beijing menunjukkan resistensi MDR/RR-TB, sedangkan hanya 7,69% sampel dari kelompok Non-Beijing yang menunjukkan resistensi MDR/RR-TB. Rerata jumlah mutasi dan jumlah gen bermutasi pada kelompok filogeni Indo-Oceanic, East-Asian/Beijing, Euro-American, secara berturut-turut adalah 5.563,63±412,28 dan 265,00±7,54; 4.633,80±745,42 dan 168,60±4,83; 3.665,60±408,48 dan 106,40±14,84. Pada penelitian ini, kami dapat menyimpulkan bahwa filogeni Indo-Oceanic ditemukan sebagai filogeni dengan jumlah sampel terbanyak. Mutasi utama terkait resistensi OAT terdapat pada gen katG, rpoB, dan nudC. Persentase MDR/RR-TB yang lebih besar terdapat pada kelompok filogeni Beijing dibandingkan Non-Beijing.

Actions (login required)

View Item