Kloning Molekuler dan Karakterisasi In Silico Gen NPR1 dari Tanaman Cabai (Capsicum annum L.)

Bastian, Nova (2017) Kloning Molekuler dan Karakterisasi In Silico Gen NPR1 dari Tanaman Cabai (Capsicum annum L.). Masters thesis, Universitas Andalas.

Preview	Text (Cover dan abstrak) Cover dan Abstrak.pdf - Published Version Download (187kB) | Preview
Preview	Text (BAB I (PENDAHULUAN)) BAB 1 (Pendahuluan).pdf - Published Version Download (119kB) | Preview
Preview	Text (BAB AKHIR) BAB AKHIR.pdf - Published Version Download (110kB) | Preview
Preview	Text (DAFTAR PUSTAKA) DAFTAR PUSTAKA.pdf - Published Version Download (155kB) | Preview
	Text (SKRIPSI FULL TEXT) SKRIPSI FULL TEXT.pdf Restricted to Repository staff only Download (2MB)

Abstract

Penelitian bertujuan untuk mengetahui struktur genomik dari gen NPR1 yang diisolasi dari tanaman cabai var. Lotanbar (Capsicum annum), serta memprediksi interaksi protein replicase virus gemini dengan protein NPR1 domain ankyrin Capsicum annum var. Lotanbar. Cabai berumur 2 minggu diambil daunnya sebagai sampel untuk isolasi DNA. Dari DNA yang didapat kemudian gen NPR1 diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan strategi nested dan touch down PCR. Produk PCR kemudian dikloning ke dalam plasmid pGEM T Easy vector dan ditransformasi ke dalam E.coli DH5α menggunakan metode heat shock. Transforman kemudian diverifikasi dengan PCR koloni dan sekuensing. Data sekuensing digunakan untuk menentukan struktur 3D dari protein NPR1 domain ankyrin dengan metode homology protein modelling. Struktrur 3D dari protein NPR1 domain ankyrin kemudian diprediksi interaksi nya dengan protein replicase virus Gemini strain PSSWS dan TDWS secara in silico dengan metode docking. Hasil verifikasi menunjukkan gen yang diisolasi memiliki identitas 99% dengan gen NPR1 Capsicum annum dan berhasil mendapatkan 1 domain ankyrin NPR1 yang lengkap. Analisis in silico dengan metode docking menunjukkan daerah terjadinya binding site yang berbeda untuk kedua strain virus Gemini PSSWS dan TDWS. Kata kunci : gen NPR1, protein modelling, interaksi protein, docking, binding site

Actions (login required)

View Item