KLONING BERBASIS PCR DAN KARAKTERISASI DOMAIN TRANSACTIVATION GEN NPR1 PADA TANAMAN CABAI (Capsicum annuum L.)

Muhammad, Fichri (2018) KLONING BERBASIS PCR DAN KARAKTERISASI DOMAIN TRANSACTIVATION GEN NPR1 PADA TANAMAN CABAI (Capsicum annuum L.). Diploma thesis, UNIVERSITAS ANDALAS.

Preview	Text (Cover & Abstrak) ABSTRAK.pdf - Published Version Download (247kB) | Preview
Preview	Text (BAB I PENDAHULUAN) BAB I PENDAHULUAN.pdf - Published Version Download (45kB) | Preview
Preview	Text (BAB V KESIMPULAN DAN SARAN) BAB V KESIMPULAN DAN SARAN.pdf - Published Version Download (36kB) | Preview
Preview	Text (DAFTAR PUSTAKA) DAFTAR PUSTAKA.pdf - Published Version Download (226kB) | Preview
	Text (Full) Full.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (4MB)

Abstract

Protein Non-expressor of Pathogenesis Related 1 (NPR1) berperan penting dalam aktifnya Systemic Acquired Resistance (SAR). Protein NPR1 ini disusun oleh 3 domain, yaitu BTB/POZ, ankyrin dan Transactivation (TA). Interaksi antara domain TA, khususnya pada asam amino Cys521/529 dengan asam salisilat menjadi awal aktifnya SAR. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi exon domain TA CbNPR1 dan membandingkan sekuen nukleotida serta asam aminonya dengan AtNPR1. DNA diisolasi dari daun tanaman cabai cv Berangkai dengan menggunakan metode CTAB. Domain TA diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan metode PCR touchdown. Hasil sekuensing dianalisis secara in silico. Hasil pensejajaran sekuen asam amino menunjukkan bahwa posisi asam amino penting Cys521/529 CbNPR1 lestari (conserved) dengan AtNPR1. Analisis struktur sekunder protein CbNPR1 memperlihatkan bahwa tidak ada pola khusus α-helix dan β-sheet tertentu yang mempengaruhi fungsi biologis dan fungsi SAR protein ini. Analisis struktur tersier protein CbNPR1 menunjukkan bahwa hampir seluruh permukaan protein diselimuti oleh binding site, termasuk Cys521/529. Artinya, fungsi SAR CbNPR1 dapat berjalan sebagaimana mestinya, namun memiliki peluang lebih kecil dibanding AtNPR1 karena prediksi binding sitenya lebih kecil. Residu asam amino Cys521/529 berada tepat pada daerah pocket binding site yang diduga menjadi penyebab interaksinya dengan asam salisilat cenderung lemah. Dari keseluruhan hasil penelitian, keberadaan Cys521/529 pada domain TA CbNPR1 mengkonfirmasi bahwa CbNPR1 tidak kehilangan fungsinya dalam meregulasi sistem ketahanan tanaman. Kata kunci : CbNPR1, Cys521/529, domain TA, NPR1, SAR.

Actions (login required)

View Item