KLONING BERBASIS PCR DAN KARAKTERISASI DOMAIN BTB/POZ NPR1 DARI TANAMAN CABAI (Capsicum annum L.)

Rahmi, Hidayati (2018) KLONING BERBASIS PCR DAN KARAKTERISASI DOMAIN BTB/POZ NPR1 DARI TANAMAN CABAI (Capsicum annum L.). Diploma thesis, Universitas Andalas.

Preview	Text (Cover - Abstrak) Cover-Abstrak.pdf - Published Version Download (156kB) | Preview
Preview	Text (BAB I PENDAHULUAN) BAB I PENDAHULUAN.pdf - Published Version Download (112kB) | Preview
Preview	Text (BAB V PENUTUP) BAB V PENUTUP.pdf - Published Version Download (57kB) | Preview
Preview	Text (DAFTAR PUSTAKA) DAFTAR PUSTAKA.pdf - Published Version Download (149kB) | Preview
	Text (Skripsi FULL TEXT) Rahmi Hidayati_FULL TEXT.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (2MB)

Abstract

Protein NPR1 berperan dalam regulasi ketahanan tanaman, khususnya dalam Systemic Acquired Resistance (SAR). Protein NPR1 terdiri dari tiga domain yaitu; BTB/POZ, ankyrin dan TA. Domain BTB/POZ diketahui berinteraksi dengan faktor transkripsi TGA2 untuk menginduksi ekspresi gen PR1. Mutasi dua asam amino Cys82 dan Cys150 pada domain BTB/POZ dapat menghilangkan fungsinya dalam interaksi tersebut. Penelitian Ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi domain BTB/POZ NPR1 dan membandingkannya dengan NPR1 Arabidopsis thaliana. DNA cabai diisolasi dari daun cabai lokal genotipe Berangkai menggunakan metode CTAB. Domain BTB/POZ NPR1 diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan panjang produk 912 bp. Hasil amplifikasi disekuensing dan dianalisis secara in silico. Hasil pensejajaran menunjukkan bahwa kedua asam amino penting antara BTB/POZ CbNPR1 dan AtNPR1 tidak berbeda (conserved). Hasil analisis struktur sekunder juga menjukkan kesamaan pada pola motif Zinc Finger yang merupakan khas domain BTB dan terletak pada daerah N-terminal protein NPR1. Hasil analisis pada permukaan struktur tersier menunjukkan perbedaan pada karakter daerah penempelan gua (cavities). Daerah penempelan gua CbNPR1 menunjukkan sifat yang lebih hidrofilik (polar) daripada AtNPR1. Implikasinya, molekul atau protein yang bersifat hidrofilik lebih cenderung menempel pada daerah penempelan CbNPR1 daripada AtNPR1. Dari seluruh hasil penelitian ini disimpulkan bahwa domain BTB/POZ memiliki kesamaan pada struktur primer dan sekunder dengan AtNPR1, namun memiliki perbedaan pada karakter daerah penempelannya. Kata Kunci : Binding site, domain BTB/POZ, hydrophobicity, NPR1, SAR.

Actions (login required)

View Item