KARAKTERISTIK DNA MIKROSATELIT, PENANDA GENETIK DAN STRUKTUR GENETIK POPULASI Aedes aegypti VEKTOR DEMAM BERDARAH DENGUE (DBD) DI SUMATERA BARAT

HASMIWATI, WATI (2015) KARAKTERISTIK DNA MIKROSATELIT, PENANDA GENETIK DAN STRUKTUR GENETIK POPULASI Aedes aegypti VEKTOR DEMAM BERDARAH DENGUE (DBD) DI SUMATERA BARAT. Diploma thesis, UNIVERSITAS ANDALAS.

Text (Tesis Fulltext) 201510201243th_disertasihasmiwati1131202006.compressed.pdf Restricted to Repository staff only Download (2MB)

Abstract

Distribusi geografis dan perbedaan fisiologis nyamuk diduga mempengaruhi penularan virus. Lokasi geografi dapat mempengaruhi variasi genetik. Analisa genetik menunjukkan bahwa pada beberapa kasus perbedaan pada kompetensi vektor dapat ditelusuri melalui variasi genetik meliputi struktur genetik, phylogeography, aliran gen dan differensiasi antar dan inter populasi. Populasi nyamuk Aedes aegypti yang berasal dari daerah geografis berbeda akan berbeda pula kompetensi vektor serta kerentanannya terhadap virus dengue. Penelitian ini bertujuan: Mengkarakterisasi, mendesain penanda genetik dan menganalisis struktur genetik populasi Ae. aegypti sebagai vektor Demam Berdarah Dengue di Sumatera Barat Keseluruhan penelitian dilakukan atas 3 tahapan yaitu: 1) Melakukan karakterisasi genom dengan metode Enrichment (pengayaan) untuk mendapatkan fragmen DNA target yang mengandung kandidat motif mikrosatelit. 2) Melakukan kloning dari fragmen DNA yang mengandung kandidat motif mikrosatelit, melakukan sekuensing dari DNA rekombinan yang mengandung motif mikrosatelit dan pendesainan primer mikrosatelit. 3) Menganalisa variasi genetik dan struktur genetic populasi Ae. aegypti di delapan kota/populasi di Sumatera Barat. Hasil penelitian ini mendapatkan motif mikrrosatelit yang terdiri dari motif dinukleotida, trinukleotida, dan tetranukleotida dengan tipe sempurna dan tipe campuran sempurna. Berdasarkan motif DNA mikrosatelit memiliki daerah pengapit (flanking region). Telah didesain delapan pasang primer DNA mikrosatelit dan berdasarkan penggunaan 6 pasang lokus mikrosatelit, dihasilkan ukuran fragmen DNA yang bervariasi pada masing-masing populasi. Jumlah alel yang berhasil diamplifikasi 9–17 alel dengan 38 alel spesifik. Persentase fragmen polimorfik tinggi (100%) dengan nilai PIC (0,9142), sehingga dinyatakan bahwa primer ini layak digunakan sebagai marker untuk analisis struktur genetik populasi Ae. aegypti. Nilai He, I, F ST dan Nm menunjukan variasi genetik yang tinggi, Perbedaan genetik dan aliran gen Ae. aegypty antar populasi cukup tinggi sehingga nyamuk ini sangat mudah untuk beradaptasi. Didapatkan 2 kelompok Ae. aegypti berdasarkan analisis UPGMA dan tidak adanya korelasi antara jarak genetik dan jarak geografis. Kesimpulan dari penelitian ini adalah didapatkan: (1). Sebelas jenis motif mikrosatelit. (2). Enam pasang primer (Penanda Genetik) Ae. aegypti di Sumatra Barat. (3) Diketahui variasi genetik nyamuk Ae. aegypti tertinggi pada populasi Lubuk Sikaping dan terendah pada populasi Pariaman serta didapatkan dua kelompok Ae. aegypti di Sumatra Barat.

Actions (login required)

View Item