ANALISIS GEN RDRP PADA VARIAN VIRUS SARS COV-2

SM, REZVI (2022) ANALISIS GEN RDRP PADA VARIAN VIRUS SARS COV-2. Masters thesis, Universitas Andalas.

	Text (cover dan abstrak) Abstrak.pdf - Published Version Download (238kB)
	Text (BAB I. Pendahuluan) BAB I. Pendahuluan.pdf - Published Version Download (245kB)
	Text (BAB VII. Penutup) BAB VII. Penutup.pdf - Published Version Download (195kB)
	Text (Daftar Pustaka) Daftar Pustaka.pdf - Published Version Download (373kB)
	Text (Tesis Full Text) Tesis Full Text.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (2MB)

Abstract

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS CoV-2) teridentifikasi pertama kali di Wuhan pada Desember 2019. Infeksi SARS CoV-2 terus mengalami perkembangan akibat terjadinya mutasi pada genom virus sehingga menyebabkan munculnya varian virus baru. Salah satu gen yang mengalami mutasi pada SARS CoV-2 adalah RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), merupakan gen yang berperan dalam replikasi dan transkripsi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi gen RdRp pada varian SARS CoV-2. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif dengan 251 sampel pada periode April 2020 sampai Maret 2022 yang memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi. Tahapan awal mencakup ekstraksi menggunakan QIAamp viral RNA Mini Kit, pemeriksaan qRT-PCR dengan nilai cycle threshold (Ct value) <30, dan library preparation, kemudian dilanjutkan dengan sekuensing genom menggunakan Miseq Illumina sequencing machine. Analisis hasil sekuensing dilakukan menggunakan software CLC Genomics Workbench app sehingga didapatkan variasi gen RdRp pada setiap sampel penelitian. Pada penelitian ini ditemukan 167 sampel non-VOI-VOC variant, 49 sampel varian delta dan 35 sampel varian omicron. Analisis pada gen RdRp ditemukan 69 mutasi subtitusi dan 1 mutasi delesi. Titik mutasi terbanyak ditemukan pada urutan nukleotida C14408T, hampir di semua sampel penelitian dari semua varian (98,4%). Terdapat 28 missense mutation, termasuk C14408T yang mengubah asam amino proline menjadi leucine. Empat sampel penelitian yang tidak mengalami mutasi pada C14408T, merupakan sampel pada periode awal pandemi COVID-19 sebelum dilaporkannya varian-varian SARS-CoV-2. Dapat disimpulkan mutasi C14408T terjadi sebelum adanya mutasi dititik lain yang menimbulkan terbentuknya varian virus yang baru.

Actions (login required)

View Item