KERAGAMAN FENOTIPE DAN DNA MIKROSATELIT AYAM KOKOK BALENGGEK UNTUK STRATEGI AWAL KONSERVASI DI SUMATERA BARAT

FIRDA, ARLINA (2015) KERAGAMAN FENOTIPE DAN DNA MIKROSATELIT AYAM KOKOK BALENGGEK UNTUK STRATEGI AWAL KONSERVASI DI SUMATERA BARAT. Doctoral thesis, UPT. Perpustakaan Unand.

[img] Text
201505201302th_5.disertasi firda.compressed.pdf - Published Version
Restricted to Repository staff only

Download (1MB)
Official URL: https://doi.org/10.25077/0831201018

Abstract

Ayam Kokok Balenggek merupakan ayam asli Sumatera Barat merupakan plasma nutfah yang berasal dari Kecamatan Tigo Lurah Kabupaten Solok, dulunya daerah ini masuk dalam Kecamatan Payung Sakaki. Pada saat ini pemerintah Kabupaten Solok menjadikan ayam ini sebagai maskot fauna. Ayam Kokok Balenggek (AKB) memiliki kokok yang unik dan merdu serta bersusunsusun (balenggek, atau baindiak, bahasa Minang). Tujuan penelitian ini adalah menginventarisasi data dasar (database) keragaman fenotipe kualitatif dan kuantitatif Ayam Kokok Balenggek sebagai marka morfologi, mengkaji keragaman genetik karakter eksternal Ayam Kokok Balenggek serta keragaman genetik lokus DNA Mikrosatelit sebagai marka molekuler. Hasil penelitian diharapkan dapat bermanfaat sebagai informasi untuk keragaman fenotipe dan genetik Ayam Kokok Balenggek di Kecamatan Tigo Lurah Kabupaten Solok, sehingga dapat dapat diterapkan langkah-langkah dalam pelaksanaan seleksi dan program penelitian lebih lanjut serta pengembangbiakan dan pelestarian plasma nutfah Ayam Kokok Balenggek di Sumatera Barat. Penelitian ini terdiri dari dua tahap, penelitian tahap I dilakukan di lapangan di daerah sentra produksi Ayam Kokok Balenggek di Kecamatan Tigo Lurah Sumatera Barat. Jumlah sampel yang digunakan sebanyak 111 ekor Ayam Kokok Balenggek jantan dan 92 ekor ayam betina yang sudah dewasa kelamin yang dipelihara oleh peternak yang berasal dari Nagari Tanjung Balik Sumiso, Batu Bajanjang dan Rangkiang Luluih. Pengambilan sampel dilakukan dengan cara purpossive sampling. Peubah yang diukur untuk keragaman fenotipe sifat kualitatif adalah persentase dan frekuensi gen karakter genetik eksternal warna bulu, pola warna, corak dan kerlip bulu, warna shank dan bentuk jengger, kandungan gen asli dan frekuensi gen asli. Pendugaan nilai variabilitas genetik ditentukan dengan rumus heterozigositas harapan per individu (h) dan rata-rata harapan per individu (H) dan simpangan baku rata-rata harapan perindividu. Peubah yang diukur untuk sifat kuantitatif adalah ukuran-ukuran tubuh, bobot badan, jumlah lenggek kokok, mortalitas masa pembesaran, jumlah produksi telur dan daya tetas. Analisis statistik deskriptif digunakan untuk menghitung persentase sifat kualitatif dan sifat kuantitatif dengan menghitung rataan, simpangan baku (standar deviasi), koefesien keragaman (KK). Analisis Komponen Utama (AKU) untuk memberikan diskriminasi terhadap ukuran dan bentuk tubuh. Pengolahan data dibantu dengan menggunakan paket perangkat lunak statistik yaitu Minitab Release 17. Penelitian II menggunakan sampel darah ayam sebanyak 60 sampel yang berasal dari 20 ekor ayam jantan yang mempunyai suara kokok balenggek, 20 ekor ayam jantan yang tidak kokok balenggek dan 20 ekor betina yang berasal dari satu keturunan. Sebagai pembanding diambil sampel darah Ayam Kampung sebanyak 10 ekor yang terdiri dari 5 ekor jantan dan 5 ekor betina. Metode penelitian dimulai dari ekstraksi DNA, amplifikasi DNA mikrosatelit dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), elektroforesis pada gel poliakrilamida, pewarnaan perak dan penentuan posisi pita DNA. Penghitungan jumlah alel, frekuensi alel dan nilai heterozigositas dianalisa dengan menggunakan software Popgene 3.2. Berdasarkan hasil penelitian persentase karakter genetik eksternal yang tinggi pada AKB adalah pada umumnya bewarna ii 96,55%, pola warna bulu tipe liar e+e+ atau e+e 66,01%, corak bulu polos pada jantan ZbZb 34,48% dan betina ZbW 25,61%, kerlip bulu keemasan pada jantan ZsZs 36,95% dan betina Zsw 34,48%, warna kulit kaki/shank kuning/putih (Id) 68.96%, bentuk jengger tunggal/single yaitu 99,01%. Jenis AKB berdasarkan warna bulu yang banyak di Kecamatan Tigo Lurah adalah Biriang 52,25%. Berdasarkan frekuensi gen pengontrol karakteristik eksternal, frekuensi gen yang dominan adalah warna bulu berwarna (ii) qi=0,9286, pola bulu liar (e+_) qe+ = 0,5283, corak bulu polos (bb) qZb=0,7430, kerlip bulu emas (ss) qZs=0,8041, warna shank putih/kuning (Id_) qZId=0,5470 dan bentuk jengger tunggal (pp) qp=0,9951. Konstitusi gen pengontrol karakteristik eksternal adalah (ii e+_ bb ss Id_ pp) . Ayam Kokok Balenggek memiliki 45,30% gen asli dan tingkat keragaman (nilai heterozigositas) genetik Ayam Kokok Balenggek adalah 29.14%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh Ayam Kokok Balenggek jantan dan betina memiliki keragaman tinggi (>10%). Keragaman yang tinggi pada Ayam Kokok Balenggek jantan terdapat pada bobot badan 20,85%, panjang femur 16,72%, tinggi jengger 23,93%, panjang paruh 31,85%, diameter shank 21,47%, panjang leher 19,82% dan jumlah lenggek kokok 28,39%. Pada ayam betina pada bobot badan 16,71%, tinggi jengger 27,28%, lebar pelvis 25,20% dan diameter shank 16,51%. Analisis Komponen Utama menunjukkan bahwa penciri ukuran tubuh Ayam Kokok Balenggek pada keseluruhan populasi Kecamatan Tigo Lurah adalah panjang sayap dengan vektor eigen sebesar 0,821. Penciri bentuk tubuh Ayam Kokok Balenggek panjang femur dengan nilai eigen sebesar 0,581 dan panjang sayap dengan nilai eigen 0,619. Penciri ukuran tubuh Ayam Kokok Balenggek jantan secara keseluruhan pada populasi AKB di Kecamatan Tigo Lurah adalah panjang leher dengan nilai eigen 0,678, sedangkan bentuk tubuh dicirikan oleh panjang sayap dengan nilai eigen sebesar 0,867. Sedangkan rataan dan simpangan baku untuk produksi telur di Nagari Batu Bajanjang, Tanjung Balik Sumiso dan Rangkiang Luluih berturut-turut adalah, 13,38±2,66 butir, 85±2,92 butir dan 12,07±2,16 butir. Sedangkan daya tetas 85,48±9,82%, 85,48±9,82% dan 86,96±16,70%, mortalitas 39,17±27,27% 49,08±24,00% dan 29,70±25,21% dan rata-rata jumlah lenggek kokok 4,63±1,40, 4,81±1,45 dan 5,15±1,46. Berdasarkan keragaman lokus DNA mikrosatelit Ayam Kokok Balenggek memiliki keragaman yang tinggi. Ke tujuh lokus mikrosatelit yang digunakan bersifat polimorfik. Jumlah alel yang berhasil diamplifikasi sebanyak 55 alel yang berkisar antara 4 sampai 13 alel dengan rata-rata alel tiap lokus adalah 7,86 ± 3,44 alel. Dari ketujuh lokus mikrosatelit, sebaran genotipe yang banyak 35,29% pada lokus ABR419 pada sub populasi 3. Hasil analisis statistik terhadap nilai Heterozigositas (H) yang terendah 0,4208 ditemukan pada lokus ABR359 dan yang tertinggi pada lokus ABR258 0,7498. Rataan heterozigositas lokus mikrosatelit pada Ayam Kokok Balenggek yaitu 0,5741. Berdasarkan hasil analisis korelasi dengan menggunakan program SPSS 15 terdapat hubungan yang nyata (P< 0.05) antara jumlah lenggek kokok dengan lokus mikrosatelit ABR417 dan ABR419. Walaupun marker ini tidak spesifik pada Ayam Kokok Balenggek, marker ini dapat digunakan untuk membedakan keragaman Ayam Kokok Balenggek.

Item Type: Thesis (Doctoral)
Subjects: S Agriculture > SF Animal culture
Divisions: Pascasarjana (Disertasi)
Depositing User: Ms Lyse Nofriadi
Date Deposited: 27 Jan 2016 07:36
Last Modified: 20 Oct 2017 13:21
URI: http://scholar.unand.ac.id/id/eprint/104

Actions (login required)

View Item View Item